Şiddetli akut solunum sendromu (SARS) ve Zika virüs hastalığı gibi ortaya çıkan bulaşıcı hastalıklar, halk sağlığı için büyük bir tehdit oluşturmaktadır. Yoğun araştırma çabalarına rağmen, yeni hastalıkların nasıl, ne zaman ve nerede ortaya çıktığı hala önemli bir belirsizlik kaynağıdır.
Son zamanlarda Çin’in Hubei eyaleti Wuhan’da ciddi bir solunum hastalığı bildirildi. 25 Ocak 2020 itibariyle, ilk hasta 12 Aralık 2019’da hastaneye kaldırıldığından beri en az 1.975 vaka bildirilmiştir. Epidemiyolojik araştırmalar, salgının Wuhan’daki bir deniz ürünleri pazarıyla ilişkili olduğunu göstermiştir.
Burada, piyasada işçi olan ve 26 Aralık 2019’da Wuhan Merkez Hastanesine başvuran, ateş, baş dönmesi ve öksürük gibi ciddi bir solunum sendromu yaşayan tek bir hastayı inceliyoruz. Hastadan alınan bir bronkoalveoler lavaj sıvısı örneğinin metagenomik RNA sekansı4, burada “WH-Human 1” koronavirüsü (ve ayrıca “2019-nCoV” olarak da adlandırılan) Coronaviridae familyasından yeni bir RNA virüsü suşu tanımladı.
Tam viral genomun (29.903 nükleotid) filogenetik analizi, virüsün daha önce Çin’deki yarasalarda bulunan bir grup SARS benzeri koronavirüs (cins Betacoronavirus, subgenus Sarbecovirus) ile en yakın ilişkili olduğunu (% 89.1 nükleotid benzerliği) ortaya koymuştur. Bu salgın, hayvanlardan viral dökülmenin insanlarda ciddi hastalığa neden olma yeteneğinin altını çizmektedir.
Çalışılan hasta, hepatit, tüberküloz veya diyabet öyküsü olmayan 41 yaşında bir erkekti. Hastalığın başlamasından 6 gün sonra, 26 Aralık 2019’da Wuhan Merkez Hastanesi‘ne kabul edildi ve hastaneye yatırıldı.
Hasta başvuru sırasında 1 hafta süreyle ateş, göğüste sıkışma, verimsiz öksürük, ağrı ve halsizlik bildirmiştir. Kardiyovasküler, abdominal ve nörolojik özelliklerin fizik muayenesi normaldi. Hafif lenfopoeni (ml başına 9 × 105 hücreden az olarak tanımlanmıştır) gözlenmiştir, ancak tam kan sayımı testinde beyaz kan hücresi ve kan trombosit sayısı normaldir.
Yüksek C-reaktif protein seviyeleri gözlendi ve kan kimyası testlerinde aspartat aminotransferaz, laktik dehidrojenaz ve kreatin kinaz seviyeleri hafifçe yükseldi. Hastada arteriyel kan gazı testi ile tespit edilen 67 mm Hg oksijen seviyesine sahip hafif hipoksemi vardı.
Kabulün ilk gününde (hastalığın başlamasından sonraki 6. gün), göğüs radyografileri, her iki akciğerde yer-cam opasiteleri, fokal konsolidasyon ve düzensiz konsolidasyon gibi hava-alanı gölgelenmesi ile anormaldi. Göğsün bilgisayarlı tomografisinde, özellikle alt akciğerde bilateral fokal konsolidasyon, lober konsolidasyon ve düzensiz konsolidasyon saptandı.
Göğüs radyografisinde, başvurudan sonraki 5. günde (hastalığın başlamasından sonraki 11. gün) bilateral diffüz düzensiz ve bulanık bir gölge saptandı. Ön etyolojik araştırmalar, ticari patojen antijen tespit kitleri kullanılarak influenza virüsü, Chlamydia pneumoniae ve Mycoplasma pneumoniae varlığını dışladı ve bu PCR ile doğrulandı.
İnsan adenovirüsleri de dahil olmak üzere diğer yaygın solunum yolu patojenleri de kantitatif PCR (qPCR) ile negatif test edildi. Her ne kadar antibiyotik, antiviral ve glukokortikoid tedavisinin bir kombinasyonu uygulansa da hasta solunum yetmezliği sergiledi ve yüksek akım invaziv olmayan ventilasyon verildi. 3 günlük tedaviden sonra hastanın durumu düzelmedi ve yoğun bakım ünitesine kabul edildi. Hasta başvurudan 6 gün sonra Wuhan’daki başka bir hastaneye nakledildi.
Wuhan Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından yapılan epidemiyolojik araştırmalar, hastanın yerel bir kapalı deniz ürünleri pazarında çalıştığını ortaya koydu. Özellikle, balık ve kabuklu deniz hayvanlarına ek olarak, kirpi, porsuklar, yılanlar ve kuşlar (kaplumbağalar) dahil olmak üzere çeşitli canlı vahşi hayvanlar, salgın başlamadan önce piyasada satışa sunuldu, hayvan karkasları ve hayvan eti. Satılık yarasa yoktu. Hasta piyasadaki vahşi hayvanlarla temas etmiş olsa da, canlı kümes hayvanlarına maruz kalmadığını hatırladı.
Bu hastalıkla ilişkili olası etiyolojik ajanları araştırmak için bronkoalveoler lavaj sıvısı (BALF) topladık ve derin meta-transkriptomik sekanslama gerçekleştirdik. Klinik örnek Şanghay Halk Sağlığı Klinik Merkezi’ndeki bir biyogüvenlik seviye 3 laboratuarında işlendi.
Toplam RNA 200 ul BALF’den ekstrakte edildi ve daha önce tarif edildiği gibi bir Illumina MiniSeq kullanılarak çift uçlu sekanslama için bir meta-transkriptomik kütüphane oluşturuldu. Toplamda, novo montajı yapılmış ve potansiyel etiyolojik ajanlar için taranan 56.565.928 sekans okuması üretildi. Megahit tarafından monte edilen 384.096 kontigin en uzunu (30.474 nükleotid (nt)) yüksek bir bolluğa sahipti ve SARS benzeri bir koronavirüs (CoV) izolatı ile yakından ilişkiliydi – yarasa SL-CoVZC45 (GenBank erişim numarası MG772933) daha önce Çin’de% 89.1 nükleotid kimliğiyle örneklenmiştir. Bu virüsün genom dizisi ve ayrıca terminleri, cDNA uçlarının (RACE) sırasıyla ters transkripsiyon PCR (RT-PCR) ve hızlı amplifikasyonu ile belirlenmiş ve doğrulanmıştır.
Bu virüs suşu, WH-Human 1 koronavirüsü (WHCV) olarak adlandırıldı (ve ayrıca ‘2019-nCoV’ olarak da adlandırıldı) ve tüm genom dizisine (29.903 nt) GenBank erişim numarası MN908947 atandı. RNA sekanslama verilerinin WHCV’nin tüm genomuna yeniden eşlenmesi 123.613 okumanın bir araya gelmesiyle sonuçlandı ve ortalama 6.04 × derinliğinde% 99.99 genom kapsama alanı sağladı (Aralık, 0.01-78.84 ×). BALF örneğindeki viral yükün qPCR ile ml başına 3.95 x 108 kopya olduğu tahmin edilmiştir.
WHCV’nin viral genom organizasyonu, Betacoronavirus cinsinin iki temsili üyesine dizi hizalaması ile belirlendi: insanlarla ilişkili bir koronavirüs (SARS-CoV Tor2, GenBank erişim numarası AY274119) ve yarasalar (bat SL-CoVZC45, GenBank erişimi) ile ilişkili bir koronavirüs numarası MG772933). WHCV’nin translasyonel olmayan bölgeleri ve açık okuma çerçevesi (ORF), bu dizi hizalaması ve ORF tahmini temelinde haritalandı. WHCV viral genomu bu iki koronavirusa benzerdi. Genlerin sırası (5 ‘ila 3’) aşağıdaki gibidir:
Replikaz ORF1ab, başak (S), zarf (E), membran (M) ve nükleokapsid (N). WHCV’nin beta corona virüslere özgü 5 ′ ve 3 ′ terminal dizileri vardır, 5 ′ terminal ucunda 265 nt ve 3 ′ terminal ucunda 229 nt’dir. WHCV’nin öngörülen replikaz ORF1ab geninin uzunluğu 21.291 nt’dir ve 16 öngörülen yapısal olmayan protein, ardından (en az) 13 aşağı akış ORF’si içerir.
Ek olarak, WHCV, nsp1’de SARS-CoV ile yüksek oranda korunmuş bir alanı (LLRKNGNKG: 122-130 amino asitleri) paylaşır. WHCV’nin öngörülen S, ORF3a, E, M ve N genleri, sırasıyla 3.822, 828, 228, 669 ve 1.260 nt uzunluğundadır.
Sarbecovirus alt türünün tüm üyeleri tarafından paylaşılan bu ORF bölgelerine ek olarak, WHCV, M ve N ORF arasında bulunan tahmini bir ORF8 genini (366 nt uzunluğunda) taşıyan SARS-CoV’ye benzer genler WHCV ORF’lerin fonksiyonları, bilinen koronavirüslerin temelleri ile tahmin edildi ve Ek Tablo 5’te açıklandı. SARS-CoV Tor2’ye benzer bir şekilde, bir lider transkripsiyon düzenleyici sekans (TRS) ve dokuz varsayılan vücut TRS’si kolayca tanımlanabilir WHCV’de ORF’nin 5 ′ ucunun yukarı akışında ve varsayılan korunmuş TRS çekirdek dizisi iki biçimde ortaya çıktı: ACGAAC veya CUAAAC
News
